Descrito como un espacio que “promueve el valor de la tolerancia y la diversidad tomando como punto de partida los mayores ejemplos de intolerancia a los que ha llegado el ser humano”, el museo está dividido en dos secciones: Memoria y Tolerancia.
En el primero hace un repaso por el Holocausto y otros genocidios étnicos, como los de Guatemala y Ruanda; en el segundo, a persecuciones religiosas e ideológicas a lo largo de la historia y crímenes contra la humanidad.
En total son 40 exhibiciones. El edificio, diseñado por Arditti + RDT Arquitectos, cuenta con espacio para exposiciones permanentes y temporales, biblioteca y mediateca, auditorio y salón para cursos y talleres.
Este museo tiene una superficie de 7.000 m2 y está ubicado en la Plaza Juárez, en el Centro Histórico de la Ciudad de México.